home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ PC-SIG: World of Education / PC-SiG's World of Education.iso / run / 1725 / bsimhelp.msg < prev    next >
Text File  |  1989-04-11  |  5KB  |  78 lines
  1.     Reseed/New:  Type  'N'  or  'R' to begin a new simulation or continue a
  2.     previous run.  If you choose the reseed option you  must  have  a  file
  3.     available containing the saved data from a previous run and you will be
  4.     prompted  for  the  path  and  name  of that file.  When you continue a
  5.     previous run you will  have  only  limited  options  for  changing  the
  6.     original settings established when that run was inititated.
  7.     Stagnant/Circulating:  Type  'S'   or   'C'   to   choose   between   a
  8.     non-circulating,   'pond'   type  simulation  and  a  circulating  mode
  9.     comparable to a stirred flask. In the  stagnant  mode,  conditions  may
  10.     differ  from top to bottom of the simulation.  In the circulating mode,
  11.     conditions will be homogenous except  for  light  intensity  (light  is
  12.     absorbed  by the 'medium', hence is at its highest intensity at the top
  13.     of the simulation).
  14.     Open/Closed: Type 'O' or 'C' to choose between having  the  head  space
  15.     gases  in  equilibrium  with a selected atmospheric value or having the
  16.     simulation 'sealed' from the outside world.
  17.     Random/Defined: Type 'R' or 'D'.  The  Random  choice  will  cause  the
  18.     simulation   to   be   initiated   with  organisms  of  random  genetic
  19.     composition.  The Defined option allows you to enter up to 3 genomes of
  20.     your choice or will allow seeding with a collection of known genomes.
  21.     Inhibitors:  Twelve  'substances',  letter  names A to L, are available
  22.     which  act  as  'biochemical  inhibitors'.   These  can  be  added   in
  23.     combinations  of  up  to  six  at  one  time to investigate the various
  24.     simulated chemical pathways that may  be  available  within  any  given
  25.     collection  of  organisms.   To enter an inhibitor type the appropriate
  26.     letter.
  27.     Mutagen:  Analagous  to  a  mutagenic  factor, such as UV radiation, in
  28.     natural environments.  Mutagen controls the rate at  which  'mutations'
  29.     occur  in  the  simulated genome.  A value of 0 results in no mutations
  30.     and is useful for studying the characteristics of defined populations.
  31.     Light intensity: Luminance at the surface of the simulation.  The value
  32.     assumes that  portion  of  the  spectrum  which  is  photosynthetically
  33.     active.  A value of 0 represents darkness.
  34.     Depth:  Effective  only in the stagnant model, this variable determines
  35.     the rate  at  which  solutes  diffuse  vertically  in  the  simulation.
  36.     Horizontal  distribution is considered to be homogeneous. Higher values
  37.     are equivalent to a deeper pond.
  38.     Oxygen: Sets the concentration  of  oxygen  in  the  aqueous  phase  in
  39.     equilibrium  with  the  gas  phase  in open systems.  Also provides the
  40.     initial concentration of oxygen  at  the  start  of  a  new  simulation
  41.     whether open or closed.
  42.     Carbon  dioxide:  Sets  the  concentration  of  carbon  dioxide  in the
  43.     aqueous phase in equilibrium with the gas phase in open systems.   Also
  44.     provides  the initial concentration of carbon dioxide at the start of a
  45.     new simulation whether open or closed.
  46.     Reservoir size:   A  technical  factor  that  determines  the  relative
  47.     effect  of  metabolism  of  each organism on the substrate pool.  It is
  48.     analagous  to  buffering  capacity  in  a natural medium and is loosely
  49.     analagous to the volume of a natural system. A  low  value  produces  a
  50.     simulation  in  which  substrate  becomes  limiting  at  low population
  51.     densities.
  52.     Starting   population:  The  number  of  'organisms'  with  which   the
  53.     simulation  is  initially seeded.  Not meaningful in reseed and seeding
  54.     options.
  55.     Soluble substrate concentration: The concentration of  soluble  organic
  56.     matter in the simulation at startup.
  57.     Amount  sediment:  The  total  mass  of  sediment  at  the start of the
  58.     simulation. Some sediment may be suspended in  the  aqueous  phase  and
  59.     some  may  be  trapped  at  the bottom of the simulation.  The sediment
  60.     serves as substrate for some biochemical pathways.
  61.     Number of genomes: Allows selecting up to 3 predefined genomes when the
  62.     defined option was  previously  chosen.   The  configuration  for  each
  63.     genome  will  be entered on a following input screen.  This option also
  64.     permits entering the letter 'S' to indicate  seeding  from  a  previous
  65.     run.   The seed option differs significantly from reseeding in that all
  66.     the input variables can be reselected.  It is  analagous  to  adding  a
  67.     drop of old culture to a new batch as compared to simply continuing the
  68.     incubation of the old batch.
  69.     This  screen  appears  only  when  the  defined  option  was previously
  70.     selected and 1, 2, or 3 genomes was entered. To enter a  known  genome,
  71.     type over the default or old genome using the letters 'E', 'F', 'G', or
  72.     'H'  (upper  or lower case is acceptable).  The boxes on the right hand
  73.     side contain the percentage of each genome which will be represented in
  74.     the final population.  When only one genome  is  entered  this  box  is
  75.     always  set at 100.  In all other cases the total of all boxes (2 or 3)
  76.     must add to 100.  An attempt to enter a value of more or less than  100
  77.     will not be accepted.
  78.